Toutes les espèces de chiroptères (chauve-souris) présentes en France font l'objet d'une protection à la fois au niveau national et européen.
En 2008, l'OPE a lancé un inventaire des gîtes connus sur le territoire, ainsi qu'une campagne de recherche de nouvelles colonies et de nouveaux gîtes. Sur la base de ces premiers résultats, des campagnes de suivi des populations suivant le protocole Vigi-chiro du Muséum National d'Histoire Naturelle ont été démarrés en 2009.
A l'heure actuelle, les deux études cohabitent et sont régulièrement reconduites par l'OPE.
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Le Suivis des gîtes :
L'ensemble des gîtes identifiés sur le territoire fait l'objet de visites par des experts naturalistes lors de prospections de terrain organisées de une fois tous les 5 ans, jusqu’à 3 fois par an selon l’importance des colonies. La visite s'effectue en journée afin d'identifier et de dénombrer les individus et les indices de présence.
Le programme Vigi-chiro :
Plusieurs circuits et points d'écoutes ont été établis afin de couvrir le territoire. Ces points sont prospectés par des experts naturalistes 3 fois par an depuis 2009. Chaque point fait l'objet d'écoutes nocturnes de 10 minutes, pratiquées en mode hétérodyne, et divisées en séquences de 1 minute au cours desquelles sont notés tous les contacts avec une identification des groupes d'espèces.Parallèlement à ces écoutes, des enregistrements continus de 6 mn sont pratiqués avec un détecteur fonctionnant en mode expansion de temps.
Plusieurs projets d'installation de capteurs "en continu" sont à l'exploration au sein de l'OPE afin de pouvoir améliorer les périodes et la superficie du suivi de ces espèces.